دو سال پس از رویدادهای کهکشان اکسپرس ۹۹۹، زمین به یک میدان جنگ تبدیل شده است و تتسورو احضار می‌شود تا بار دیگر سوار بر قطار سه-نه شود. در این پایان سینمایی، تکان‌دهنده و بلند برای داستان حماسی لیجی ماتسوموتو، به همه پرسش‌ها پاسخ داده خواهد شد و همه رازها فاش می‌شوند؛ چرا که تتسورو سفری را آغاز می‌کند که رازی چنان هولناک را آشکار می‌سازد که حتی خود مایتل نیز به سختی می‌تواند درباره آن صحبت کند.

داستان این انیمیشن در مورد کنیچی و عمویش شونساکو بن است که باید با کمک یکدیگر راز دختر رباتی به نام تیما را کشف کنند...