دو سال پس از رویدادهای کهکشان اکسپرس ۹۹۹، زمین به یک میدان جنگ تبدیل شده است و تتسورو احضار می‌شود تا بار دیگر سوار بر قطار سه-نه شود. در این پایان سینمایی، تکان‌دهنده و بلند برای داستان حماسی لیجی ماتسوموتو، به همه پرسش‌ها پاسخ داده خواهد شد و همه رازها فاش می‌شوند؛ چرا که تتسورو سفری را آغاز می‌کند که رازی چنان هولناک را آشکار می‌سازد که حتی خود مایتل نیز به سختی می‌تواند درباره آن صحبت کند.

در سال 1955، میزوکی به روستایی سفر می‌کند که توسط خاندان ریوگا اداره می‌شود. هدف او عزاداری برای رئیس فقید این خانواده و همچنین انجام یک ماموریت مخفیانه است. در آنجا میزوکی با پدر کیتارو آشنا می‌شود که در جست‌وجوی همسرش است. آن‌ها با هم متحد می‌شوند تا رازهای خاندان ریوگا را کشف کنند و ...

در حالی که سون گوکو، مدت ها قبل، ارتش روبان قرمز را نابود کرده است، طرفداران این ارتش، دو ربات انسان نمای قدرتمند به نام های گاما ۱ و گاما ۲ را بوجود آورده اند. این ربات ها خودشان را ابرقهرمان می نامند و ...