ماکوتو کونو یک دختر ۱۷ ساله دبیرستانی که با خانواده اش در توکیو زندگی می کند. داستان از جایی شروع می شود که ماکوتو پیغامی را بر روی تخته سیاه دبیرستان خود می خواند و بدون اطلاع با شئ عجیبی شبیه به گردو برخورد می کند. او در هنگام برگشت به خانه با دوچرخه تعادل خود را از دست داده و با قطاری تصادف می کند، اما به زودی متوجه می شود…