ایچیرو میکی کودکی است که در منطقه صنعتی کاوازاکی زندگی می‌کند؛ جایی که تلاش مداوم والدینش برای تامین مخارج زندگی، اغلب این دانش‌آموز را تنها می‌گذارد. او که مدام توسط قلدری به نام گابارا اذیت می‌شود، تنها دوستانش شینپی، طراح اسباب‌بازی، و همکلاسی‌اش ساچیکو هستند. ایچیرو به رویاهای فرار از واقعیت در جزیره هیولاها پناه می‌برد، جایی که با مینیلا، هیولای دیگری که او هم مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرد، دوست می‌شود.

گورو ماکی، خبرنگار کنجکاو، به طور تصادفی با دانشمندانی مواجه می‌شود که در حال انجام آزمایش‌های آب‌وهوایی در جزیره سولگل در دریاهای جنوبی هستند. او متوجه می‌شود که این جزیره مسکن آخوندک‌های غول‌پیکر و زنی به نام سایکو است که پس از مرگ پدرش در آنجا رها شده است. این دو به زودی هیولای نوزاد و بی‌پناهی را پیدا می‌کنند که گودزیلا باید او را به سرپرستی بگیرد و بزرگ کند.