داستان انیمه درباره یک نینجای سابق به نام "جو لوگان" است که از قبیله خود و گذشته خشونت‌آمیزش فرار کرده و در دهکده‌ای در آمریکا پنهان می‌شود. اما در این میان گروهی از قاتلان به دلیل خیانت جو لوگان به قبیله، برای گرفتن انتقامی خونین به سراغ او و خانواده‌اش می‌روند. پس از حمله، جو برای گرفتن انتقام مرگ خانواده‌اش در قالب یک نینجا معروف به نینجا کامویی ظاهر می‌شود تا همان قبیله‌ای که روزی در آن زندگی می‌کرد را نابود کند و ...

این سفر روان‌گردان به زندگی پس از مرگ، کاملاً از زاویه دید اسکار، یک قاچاقچی و معتاد جوان آمریکایی ساکن توکیو به همراه خواهرش لیندا که به تن‌فروشی مشغول است، روایت می‌شود. وقتی اسکار در جریان یک معامله ناموفق توسط پلیس کشته می‌شود، روح او از گذشته؛ جایی که والدینش را قبل از مرگشان می‌بیند؛ به حال؛ جایی که شاهد کالبدشکافی خودش است؛ و سپس به آینده سفر می‌کند، جایی که از آن دنیا مراقب خواهرش است.