باب و چس دو مرد مجرد و فرصت‌طلب هستند. آن‌ها توسط جرالدین استخدام می‌شوند تا از او و دخترش، کریستین، محافظت کنند. به نظر می‌رسد کریستین دارای قدرت‌های ماوراءالطبیعه است و تمام جزئیات یک قتل سیاسی را می‌داند.

با الهام از لحن کمدی فیلم‌های «دانشکده پلیس»، آکادمی نینجا مجموعه‌ای از شخصیت‌های خنده‌دار را به تصویر می‌کشد که در حین تمرینات سخت، تفریح و در نهایت شکست‌های سخت در دنیای بی‌رحم هنرهای رزمی، پیوند نزدیکی با یکدیگر برقرار می‌کنند.