بشریت سرانجام خود را از شر گودزیلا خلاص می‌کند و او را در مقبره‌ای یخی در قطب جنوب به بند می‌کشد. همه چیز در آرامش است تا اینکه هیولاهای مختلفی برای نابودی شهرهای زمین ظاهر می‌شوند. بشریت که درمانده شده است، ظاهراً توسط نژادی از بیگانگان خیرخواه به نام «زیلین‌ها» نجات می‌یابد. اما همه چیز در مورد این بازدیدکنندگان عجیب آن‌طور که به نظر می‌رسد نیست. اگر بشریت می‌خواهد زنده بماند، باید با بی‌میلی منفورترین دشمن خود یعنی گودزیلا را دوباره زنده کند.