موجود بیگانه و جنایتکار فیلم اول مرده است، اما او چند تخم از خود به جا گذاشته که اکنون در حال باز شدن هستند. بیگانه خوب که هنوز در بدن تام بک زندگی می‌کند، برای چنین روزی به انتظار نشسته بود. متأسفانه حضور او در این بدن آسیب شدیدی به آن وارد کرده و انرژی حیاتی‌اش را تخلیه کرده است. علاوه بر این، رابطه او با دختر بک، جولیت (که اکنون پلیس است) شکرآب شده است. اما وقتی کشتارها دوباره آغاز می‌شود، آن‌ها باید برای متوقف کردن نسل جدید بیگانگان با یکدیگر همکاری کنند.

جان که زندگی یکنواخت و بی‌هیجانی دارد، روزی در مترو با زنی زیبا و مرموز به نام جون آشنا می‌شود. این دیدار، جان را به سوی هدفی تازه در زندگی بی‌سامانش سوق می‌دهد. اما ...

زمانی که اعضای یک گروه در کافه ایی کنار جاده توقف می کنند تا کیکی بخورند متوجه می شوند که توسط صاحبان کافه محبوس شدند و باید برای نجات جانشان مبارزه کنند و ...