یک گروه مستقل از پژوهشگران به نام «شبکه پیش‌بینی گودزیلا» به طور فعال گودزیلا را در حالی که در نمورو به خشکی می‌رسد، ردیابی می‌کنند. ماجرا زمانی پیچیده‌تر می‌شود که یک شهاب‌سنگ غول‌پیکر در استان ایباراکی کشف می‌شود. این سنگ مرموز شروع به معلق شدن در هوا می‌کند و نیت واقعی آن برای جهان و گودزیلا آشکار می‌شود.

در یک خط زمانی جایگزین، گودزیلای اصلی هرگز شکست نمی‌خورد و بارها و بارها برای تغذیه از منابع انرژی ژاپن ظاهر می‌شود. یک سلاح بین‌بعدی جدید به نام «جزر و مد بعد» با هدف نابودی گودزیلا ساخته می‌شود. با این حال، این سلاح جدید ممکن است به عنوان دروازه‌ای برای ورود چیزی بسیار شیطانی‌تر عمل کند.

آکانه، خلبان نیروی دفاعی ژاپن، با ظهور یک گودزیلای جدید در تاتیاما با سرنوشت خود روبه‌رو می‌شود. به عنوان یک اقدام متقابل، سایبورگی به نام کیریو از بقایای گودزیلای اصلی ساخته می‌شود. مشخص می‌شود که این ماشین روح ناآرام هیولای اصلی را در خود دارد، در حالی که آکانه نیز باید یاد بگیرد که ارزش زندگی خود را دوباره پیدا کند.

موترا و پری‌هایش به ژاپن بازمی‌گردند تا به بشریت هشدار دهند که باید کیریو را به دریا بازگردانند، چرا که مردگان نباید آشفته شوند. با این حال، گودزیلا جان سالم به در برده تا دوباره ژاپن را تهدید کند و کیریو را به عنوان تنها دفاع این کشور باقی بگذارد.