سال‌ها جنگ با اتحاد ژاپن تحت حکومت شوگون‌سالاری توکوگاوا به پایان می‌رسد و ساسوکه ساروتوبی، جاسوس سامورایی که از درگیری خسته شده است، آرزوی صلح دارد. با این حال، هنگامی که یک جاسوس عالی‌رتبه به نام تاتواکی کوریاما از شوگون به یک قبیله رقیب پناهنده می‌شود، دنیای شمشیرزنان دچار آشوب می‌شود. پس از اینکه ساسوکه ناخواسته به این درگیری کشیده می‌شود، تاتواکی را تعقیب می‌کند، در حالی که به نظر می‌رسد یک شخصیت مرموز با شنل سفید هر دوی آن‌ها را شکار می‌کند. در پایان داستان، هیچ‌کس آن چیزی نیست که به نظر می‌رسید و حقیقت بسیار شخصی‌تر از آن است که کسی تصورش را می‌کرد. فیلم «جاسوس سامورایی» ساخته ماساهیرو شینودا، سرشار از توطئه‌های قبیله‌ای، جاسوسان نینجا و خیانت‌های چندجانبه، یک انحراف سبکی جسورانه از سنت فیلم‌های شمشیرزنی به شمار می‌رود.

موراسه بادیگارد یک گروه یاکوزا است. اوچیای یک افسر پلیس است که زمانی فعال دانشجویی بوده است. وقتی آن‌ها با هم ملاقات می‌کنند، از اینکه چقدر شبیه به هم هستند شوکه می‌شوند.

اوساکا در اوایل دهه ۱۶۰۰، پس از نبرد تاریخی سکیگاهارا؛ گروهی از کودکان یتیم در میدان جنگ سرگردانند و به دنبال زره می‌گردند که با پسر جوانی به نام ساسوکه ملاقات می‌کنند. او قدرت‌های جادویی دارد و می‌گوید این قدرت‌ها از شهاب‌سنگی که به زمین برخورد کرده به او رسیده است.