مستند «قلمرو سایه‌ها» داستان سه نفر را دنبال می‌کند که با تصمیم‌های سخت و پیامدهای ویرانگر «جنگ با مواد مخدر» میان آمریکا و مکزیک دست‌وپنجه نرم می‌کنند. فیلم‌ساز، برناردو روئیز، داستان‌های ظاهراً بی‌ربط یک راهبه فعال در شهر آسیب‌دیده مونتری در مکزیک، یک مامور فدرال آمریکا در مرز و یک قاچاقچی سابق تگزاسی را به هم پیوند می‌زند تا جنبه انسانی این درگیریِ اغلب سوءتعبیرشده را آشکار کند؛ درگیری که منجر به «ناپدید شدن» بیش از ۲۳ هزار نفر در مکزیک شده است، بحران رو به رشد حقوق بشری که به تازگی سرخط خبرهای بین‌المللی شده است.