کرانک بعد از ماجرای قسمت اول حالا یک آشپز شده است و زندگی خوب و آرامی دارد ولی نامه ای به دست او می رسد که همه چیز را عوض می کند ...

اسکوبی دو و شگی به عربستان سفر می‌کنند تا به چشندگان سلطنتی غذای خلیفه تبدیل شوند. اما لقمه‌ای بزرگ‌تر از دهان خود برمی‌دارند و مجبور می‌شوند برای نجات جان خود فرار کنند! این یک سفر جادویی و هیجان‌انگیز با فرش پرنده است؛ جایی که اسکوبی دو، شگی و غول چراغ جادویشان (یوگی خرسه) و یک ملوان شاد به نام سندباد (مگیلا گوریل) شما را به ماجراجویی پر از اشتباهات هویتی، مکان‌های عجیب و غریب، اکشن و غافلگیری‌های سرگرم‌کننده می‌برند!

ویلشایر پیگ و شلدون اسنیل نقشه‌ای را پیدا می‌کنند که مسیر رسیدن به هیولای دکتر فرانکن‌سواین را نشان می‌دهد. در طول جستجوی آن‌ها، انواع و اقسام ماجراها و خرابکاری‌ها رخ می‌دهد.

فرانسه، قرن هجدهم. شاهزاده ي خودخواهي تقاضاي کمک پيرزني را که در واقع جادوگر است رد مي کند و با طلسم او به هيولايي بد هيبت تبديل مي شود. سرانجام دختري به نام «بل»، با عشق خود طلسم را مي شکند و شاهزاده قامت انساني اش را باز مي يابد...

داستان این فیلم در سال ۱۹۰۵ اتفاق می افتد. فیلم با نمایشی از پسر کوچکی به نام Nemo کار خود را آغاز می کند. نمو که در حال دیدن کابوس می باشد، که در آن بوسیله یک لوکوموتیو در حال تعقیب است. روز بعد از آن کابوس سیرک عجایبی به شهر آنها می آید و...

اسکوبی، شگی و اسکرپی در راه رفتن به مدرسه شبانه‌روزی دخترانه خانم گریم‌وود هستند، جایی که به عنوان معلم ورزش استخدام شده‌اند. با این حال، پس از رسیدن به آنجا متوجه می‌شوند که آنجا نه تنها یک مدرسه دخترانه برای فرزندان هیولاهای معروف است، بلکه یک زن شرور نیز قصد دارد دختران را به بردگی بکشد.