«صبح بخیر آقای رئیس‌جمهور» روایتی کوتاه از سیاست و زندگی سه رئیس‌جمهور مختلف است: رئیس‌جمهور پیر، کیم جونگ‌هو در پایان دوره‌اش؛ رئیس‌جمهور جوان، چا جی‌وو که در سیاست خارجی مهارت دارد و بسیار مصمم است؛ و یک رئیس‌جمهور زن به نام هان کیونگ‌جا. آن‌ها بر سر انتخاب‌هایی که باید بین سیاست و اخلاق انجام دهند، مستأصل هستند. رنج کیم جونگ‌هو که در قرعه‌کشی برنده می‌شود، عذاب چا جی‌وو که عضوی از بدنش را اهدا می‌کند و مشکلات هان کیونگ‌جا که با بحران طلاق روبروست.

داستان فیلم درباره "جی ووک" یک کارآگاه خاص که از نگاه مردم او پلیسی سادیستی به نظر می رسد که به دشمن خود رحم نمی کند. او برای دستگری جنایتکاران خیلی وحشیانه رفتار می کند. با این حال او یک راز پنهان دارد که ....

یک زندانی محکوم به اعدام آرزو دارد قبل از مرگش طعم «دونجانگ جیگه» (یک نوع خورش تند خمیر لوبیای کره‌ای) را بچشد. چوی یو جین، تهیه‌کننده تلویزیون، درباره این زندانی می‌شنود و برای یک گزارش خبری جدید درباره داستان او تحقیق می‌کند. چوی یو جین در این مسیر با زن مرموزی به نام جانگ هه جین آشنا می‌شود که دونجانگ جیگه‌ای درست می‌کند که اشک شوق را به چشمان چشندگانش می‌آورد. با کاوش بیشتر، چوی یو جین از رابطه عاشقانه و غم‌انگیز جانگ هه جین با کیم هیون سو باخبر می‌شود.