«صبح بخیر آقای رئیس‌جمهور» روایتی کوتاه از سیاست و زندگی سه رئیس‌جمهور مختلف است: رئیس‌جمهور پیر، کیم جونگ‌هو در پایان دوره‌اش؛ رئیس‌جمهور جوان، چا جی‌وو که در سیاست خارجی مهارت دارد و بسیار مصمم است؛ و یک رئیس‌جمهور زن به نام هان کیونگ‌جا. آن‌ها بر سر انتخاب‌هایی که باید بین سیاست و اخلاق انجام دهند، مستأصل هستند. رنج کیم جونگ‌هو که در قرعه‌کشی برنده می‌شود، عذاب چا جی‌وو که عضوی از بدنش را اهدا می‌کند و مشکلات هان کیونگ‌جا که با بحران طلاق روبروست.

داستان فیلم درباره "جی ووک" یک کارآگاه خاص که از نگاه مردم او پلیسی سادیستی به نظر می رسد که به دشمن خود رحم نمی کند. او برای دستگری جنایتکاران خیلی وحشیانه رفتار می کند. با این حال او یک راز پنهان دارد که ....