یک گروه مرموز از نینجاها حمله‌ای غافلگیرکننده به دهکده کونوهاگاکوره انجام می‌دهند و خسارت‌های زیادی به آن وارد می‌کنند. کابوس یک جنگ جهانی شینوبی دیگر ممکن است به واقعیت تبدیل شود. ساسوکه که همچنان یک نینجای فراری از کونوهاست و تلاش می‌کند برادرش ایتاچی را بکشد، برای دومین بار در مکانی ناشناخته در مقابل ناروتو ظاهر می‌شود تا از وقوع این فاجعه جلوگیری کند.