«صبح بخیر آقای رئیس‌جمهور» روایتی کوتاه از سیاست و زندگی سه رئیس‌جمهور مختلف است: رئیس‌جمهور پیر، کیم جونگ‌هو در پایان دوره‌اش؛ رئیس‌جمهور جوان، چا جی‌وو که در سیاست خارجی مهارت دارد و بسیار مصمم است؛ و یک رئیس‌جمهور زن به نام هان کیونگ‌جا. آن‌ها بر سر انتخاب‌هایی که باید بین سیاست و اخلاق انجام دهند، مستأصل هستند. رنج کیم جونگ‌هو که در قرعه‌کشی برنده می‌شود، عذاب چا جی‌وو که عضوی از بدنش را اهدا می‌کند و مشکلات هان کیونگ‌جا که با بحران طلاق روبروست.

جین‌مان یک خانه‌دار تمام‌وقت است که از دختر خردسال و همسر تهیه‌کننده‌اش مراقبت می‌کند. وقتی او با مشکلات مالی مواجه می‌شود، در یک مسابقه تلویزیونی روزانه ثبت‌نام می‌کند تا شانس خود را برای بردن پولی بزرگ امتحان کند. در کمال تعجب، او متوجه می‌شود که در مسابقات یکی پس از دیگری برنده می‌شود.

پس از یک تصادف جاده‌ای فاجعه‌بار، جین‌سو که خبرنگار است متوجه می‌شود بخش‌هایی از خاطراتش، از جمله خاطره زنی که زمانی دوستش داشته را از دست داده است. جین‌سو که از احساس فقدان رها نمی‌شود، برای یافتن او راهی سفر می‌شود. جستجوی او باعث می‌شود با یون‌هی روبرو شود؛ زنی که سعی دارد مردی را که زمانی دوست داشته فراموش کند. آنچه به عنوان سفری غم‌انگیز آغاز شده بود، برای این دو به داستانی پیروزمندانه از عشق تبدیل می‌شود.

بی که در میان یک جنگ قومی گرفتار شده است، میان عشق و مرگ دست‌وپنجه نرم می‌کند.